本系研究領域廣泛,研究設備與人力居全校之冠。工學院和本系教師所成立的研究單位在教學與研究表現亮眼。本系教師依其專長,從碩博士班生及大學生培養研究工作團隊,進行基礎研究和應用,並將研究成果轉成專利、技術轉移、論文發表或實務應用。面對大環境的變遷與競爭壓力,以教師個人從事研究的情況已大為降低,目前講究工作團隊之分工與合作執行研究計畫或成果展現。本系所和海事所兩者為培育學生的搖藍,所訓練的學生畢業後有多種不同的就業管道,或於水工所、近海水文中心、防災研究中心、水利科技研究中心及水土保持生態工程研究中心等研究單位工作。而部分博士班畢業的學生,可以留校從事博士後研究,如助理研究員、副研究員或研究員之工作,協助老師執行計畫或論文發表,增加競爭能力。